Сайпутдин Омаров: К именованному экземпляру коннектятся как с имя_машины\имя_экземпляра, вот в зависимости от имени экземпляра и будет выбираться версия сервера
Сайпутдин Омаров: Инстансы слушают разные порты (динамические). Клиентам сообщает о том какой порт слушает соответствующий инстанс служба sql server browser.
Поддерживаю предыдущего эксперта. Дополню: нужно будет произвести разумный тюнинг по памяти обеих СУБД, чтобы им хватило памяти для работы... Либо запускать их поочередно (одна работает, вторая остановлена!)