Обычно с этим не заморачиваются и держат все пароли в открытом виде в конфиг файле. Главное, чтобы он легко не утекал (не было никаких страниц отладки, которые сливают код, или не держать пароли в самом коде). А если приложение взломают, то на пароли обычно без разницы: они через него и так сделают что хотят.