Погуглив, я посмотрел исходники Yii, Симфони и PHPixie, чтобы узнать, как аутентификация сделана у умных людей
Не забывайте, что в фреймворках это все сделано с одним расчетом - покрыть 95% возможных юзкейсов. А в связи с этим реализация чуточку сложнее. Так же не стоит забывать, что все это "должно" работать на php5.4+, а, например password api появился только в 5.5, а хэширование пароля это целая наука.
Давайте разложим задачу на под задачи:
Нам нужно проверить введенные пользователем данных. Это может быть пара идентификатор + какой-то секретный ключь (email + пароль если проще), а может это просто секретный ключ (токен), или JWT токен... словом вариантов тут много, но нам пока нужна пара старых добрых email + пароль.
Для этого в PHP есть весьма простая в использовании апишка для работы с паролями:
password api. Используйте только ее (или что-то что ее под копотом использует) ибо это самый безопасный и надежный способ работы с паролями в PHP. Обязательно прочитайте этот раздел документации.
В очень простом случае (коих большинство) вам при регистрации нужно просто загнать строчку в password_hash и получить на выход новую строчку, которая пишется в базу. При логине мы забираем пользователя с указанным email и проверяем введенный пароль через функцию password_verify.
После того как мы убедились что пользователь не выдает себя за другого, мы можем создать сессию. В самом простом случае мы просто создаем сессию с ID юзера и... собственно все. идентификатор сессии будет записан в http-only куку и все здорово. Правда при работе с сессиями в PHP нужно помнить про CSRF атаки, от которых нужно защищаться (что умеют практически все фреймворки из коробки).
Далее механизмы именно авторизации, то есть разграничения прав, можно упростить от банальной иерархии ролей, до более сложной системы воутеров (шаблон проектирования цепочка обязанностей). Все зависит от потребностей.
p.s. поскольку этот вопрос весьма щепетильный, и ля того что бы сделать все это "безопасным" нужно порядком опыта, я рекомендую вам разобраться с фреймворками или готовыми популярными библиотеками.