Стоит сделать как модули, потому что ресурсы, хранимые в папке web (стили, скрипты), придётся либо дублировать для каждой папки ваших сайтов, либо создавать web в common и регистрировать для него отдельный сабдомен. А так вы можете просто указать для каждого модуля свою базу данных и layout, сделать базовые контроллеры в common, а в модулях их просто использовать. Имеет смысл копировать папки только если предвидятся изменения в скриптах или стилях.
upd: а ещё лучше - в вашем случае - сделать просто папки web-site1 и web-site2, где будут только index.php, и в них подключать main-local1 или main-local2 конфиги, у которых будут разные бд. Настроить две точки входа и всё