Для начала неплохо бы понять что конкретно php внутри JS должен делать, какую информацию обрабатывать?
Вам не надо исполнять php в JS подготовить данные и передать их в JS обычным echo, либо использовать AJAX что наиболее вероятно.
echo "
<script type=\"text/javascript\">
alert('Привет мир!');
</script>
";
echo "
<script type=\"text/javascript\">
alert('Hello World!');
</script>
";