Я бэкаплю через rsnapshot.
Разное файло, mysql, oracle, mssql
Тащит с windows, linux, freebsd.
Хранятся ежечасные/ еджедневные/ еженедельные бэкапы, лишнее место не жрется, ибо хардлинки.
Правда вебинтерфейса нет, и руками немножко поковыряться придется.