JFileChooser fileChooser = new JFileChooser();
//возможность выбирать только директории
fileChooser.setFileSelectionMode(JFileChooser.DIRECTORIES_ONLY);
//выбор только одной директории
fileChooser.setMultiSelectionEnabled(false);
fileChooser.setDialogType(JFileChooser.OPEN_DIALOG);
//открываем окно, и ждем статуса выбора файла
int status = fileChooser.showOpenDialog(null);
//если была нажата кнопка открыть
if(status == JFileChooser.APPROVE_OPTION){
//получаем выбранную дтректорию
File dir = fileChooser.getSelectedFile();
//делаешь проверки разные если нужно
if(dir==null){
}
//если папка не существует
if(dir.exists()==false){
}
//получаешь список файлов в указанной директории
File[] files = dir.listFiles();
for (File file : files) {
//делаешь с файлами что нужно, не забывай проверять является ли файл директорией или файлом.
}
}