Это можно решить например написанием собственного FileStorage
https://docs.djangoproject.com/en/dev/topics/files/
Примерно как-то так:
import os
from django.conf import settings
from django.db import models
from django.core.files.storage import FileSystemStorage
my_storage = FileSystemStorage(location=os.path.join(settings.BASE_DIR, 'image'))
class My_model(models.Model):
file1 = models.FileField() # дефолтный MEDIA_ROOT
image = models.FileField(storage=my_storage) # пользовательский путь хранения