Если использовать storage engine WiredTiger (включена по умолчанию в 3.2, но при апгрейде с предыдущих версий может остаться MMAPv1), то блокировки на уровне документов. Если это не так, думаю стоит собрать статистику (хотя бы на уровне описания нагрузки, ожидаемого и реального уровня производительности) и написать в
https://jira.mongodb.org/.