на микротике добавляйте маршруты к вашим впн-ам на джунипере через джунипер
/ip route add dst-address=10.0.1.0/24 gateway=10.0.0.1
/ip route add dst-address=10.0.2.0/24 gateway=10.0.0.1
/ip route add dst-address=10.0.3.0/24 gateway=10.0.0.1
На джунипере соответственно должен быть маршрут к 172.16.0.0/24 через 10.0.0.2
У каждого компа должен быть гейтвей именно из его подсети.