lagaca: подключите на одной странице jQuery и MooTools. Даже с включенным режимом совместимости, если хоть один плагин не будет использоваться изоляцию, возникнет конфликт.
На тот случай если какой-то другой код переопределит переменную $, переопределить переменную jQuery типа сложнее (т.е. это можно сделать только намеренно).