Собственно, суть проблемы. При клике на элемент расписания должен всплывать попап. Но при появлении все попапы перекрываются другими элементами расписания. Подскажите, пожалуйста, как исправить эту проблему?
Ну во первых у вас странная верстка таблица отдельно "ячейки" отдельно, хотя они связанны (хотя хз мб так и задумнно)
.lessons__item странный смешали в одном месте позиционирование и дизайн
.popup используется без элемента, т.е. опять смешали позиционирование и дизайн
Смотрите демку.
Остальной код не смотрел