Дядь, ну это самое, как его...ты лучше узнай что делали когда не было медиа запросов...
Ну а по сути, как начать изучать, как я например делал...
Верстаю то что я хочу, переношу на Друпал, там всякие page.tpl и node.tpl настраиваю, потом начинаю по медленному ссужать браузер, смотрю что полный понос и начинаю с шапки сайта, туда сюда, медиа запросы, во, получилось, беру меню и тоже самое.....
Ну а как правильно:
(кто то тут уже писал что то подобное)
Сделал шапку сайта? Ссужай ее до минимум...получилось? окей...Ниже идет меню, ссужай...Шляпа? Да. Уверен. Настраиваем медиа...Настроил? Молодца. Приходи пивка хлопним.
Дальше что у нас...Аааа, блоки...ссужаем, шляпа? Делаем медиа запросы....
Ну в вообщем суть ясна? =) Я пьяненький, так что как то так =)
По поводу flex - Хорошая штука, изучай...Ну точно не знаю, ну пока по моему еще надо подождать когда все браузеры раздупляться его понимать.