Видел ваш вопрос сегодня в Клубе yandex map. Вы же будете выводить из базы? на стороне сервера и ограничивайте выборку.
При инициализации карты ловите зону просмотра map.getBounds(), отправляйте эти координаты в php скрипт, и уже php-шкой выбирайте маркеры и ограничивайте по кол-ву. Если в базе 2000 адресов, а ограничено только 400ми, то в json-ответе от сервера добавляйте поля. Yandex map API здесь не поможет.
Завтра буду аналогичное делать(скорее всего)
Может пригодится:
https://yandex.ru/blog/mapsapi/peremeschenie-oblas...
P.S без PostGis не получится