1. Убрать из связки Apache
2. Установить крайний Nginx
3. Установить к нему PHP 7 (FPM, естественно)
4. Установить Memcached
5. Заменить БД с MySQL На MariaDB 10
6. Еще можно перейти с http на https, с использованием протокола HTTP/2 (сам по себе SSL отжирает кусочек времени запроса, но супербыстрый протокол компенсирует)
Даже со стандартными конфигами будет заметно шустрее при использовании заметно меньшего количества ресурсов. Дальнейшая работа - это уже тюнинг. Нужно смотреть конкретные конфиги, конкретный сайт, логи и тд. Потому как все дальнейшие настройки от сайта к сайту меняются. Более подробная консультация - не предмет обсуждения на Тостере, а предмет непосредственной работы с сервером.