1) проверьте, выполняется ли nuget restore. Вот прям сами откройте packages, зайдите в папки конкретных пакетов и проверьте что там лежат скачанные сборки
2) к сожалению в классических проектах на C# (не DNX) взаимодействие с NuGet довольно посредственное. В том смысле, что содержимое проекта и packages.config может рассинхронизироваться (ввиду отстутсвия единого списка пакетов/сборок, как это сделали в project.json). Т.е. в packages.config все будет, но в csproj эти ссылки не будут прописаны.
Выход из ситуации - открыть ручками csproj и поставить нужные Reference, прописав относительные пути на сборки в packages, вроде таких:
<Reference Include="NetTopologySuite.IO.ShapeFile">
<HintPath>..\..\packages\NetTopologySuite.IO.1.13.3.2\lib\net40-client\NetTopologySuite.IO.ShapeFile.dll</HintPath>
</Reference>
Конкретный путь надо смотреть вам (на сколько уровней "выйти" и в какие папки "зайти"). Сначала нужно, конечно, проверить, нет ли уже этих ссылок - возможно просто папка packages почему-то уехала на новое место, и пути просто испортились.