<script type="text/javascript">
// а тут какой-то код
</script>
<script type="text/javascript">
// а тут еще какой-то код
</script>
В этом случае оба скрипта со всеми переменными и функциями попадут в объект window при объявлении.
Если нужно изолировать, почитайте про паттерн модуль, выглядит вот так:
(function(){
//тут код
})();
Тогда все сохранится в локальном скоупе.
Поищите на learn.javascript.ru