Потому что разные системы отрисовывают шрифты по разному.
Ещё есть немаленькая вероятность, что в linux нет шрифта который вы указали и используется другой с другими метриками. Например вместо Arial используется DejaVu Sans который сам по себе шире.
Бороться с этим не нужно. Нужно верстать так, что бы изменения шрифта проходило максимально безболезненно.