Какой способ обработки js файлов в gulp самый лучший?
Сейчас, например для склейки и минификации js, каждый отдельный файл прописываю вручную в нужном порядке. Но не уверен, что это правильный способ.
И стоит ли склеивать файлы плагинов вместе с остальными?
Чтобы не прописывать все файлы ручками можно использовать wildcards.
Для вендоров я обычно делаю отдельную переменную, в которой прописываю все пути к вендорам.
Насчет конката и мимифая вендоров:
Я конкачу в отдельный файл, т.к. он обновляется намного реже чем файл со скриптами и как следствие может грузиться из кеша.
Я для склеивания js-файлов использую webpack плагин для gulp. Это позволяет использовать commonJS (AMD, etc) и указать только главный файл(ы), остальные файлы сами подтянуться.