Если преобладают чтения над записью, то 2 вариант предпочтительней.
Если записи вставляются пачками и изредка, то можно отключать индекс , а потом их ребилдить.
Если запись преобладает над чтением, то возможно индексы будут только мешать.
Еще как вариант можно hash партиционировать по uid. Тогда не потеряется скорость ни чтения, ни записи.