Нельзя сказать точно. Зависит от качества RAID'а, если он вообще есть, HDD там или SSD. Также, кто знает, может у тебя там даже индексов нет? Тогда выборка из 1 миллиона зависнуть может. Что тебя останавливает от проверки на тестовых данных? Закати в таблицу 100 миллионов и тестируй. Только индексы до этого дропни, а потом создай новые.
Кстати, надеюсь, под "Стоит ли разделить ее на несколько таблиц" ты имеешь ввиду
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/partitioni...