Например если есть параметры stop(true, true) происходит как-бы удаления предыдущего вызова анимации. Из-за чего и как это происходит?
Простой пример:
jQuery('body').stop(true, true).fadeIn(500);
//тут как-нибудь событие типо click или hover
jQuery('body').stop(true, true).fadeOut(500);