А для чего конкретно бутстрап используется? Можно скачать парочку определённых компонентов, которые используются, тогда конфликтов будет меньше.
На будущее: почему бы сразу не подключить бутстрап при вёрстке темы?
И в третьих, моё скромное ИМХО: в топку бутстрап. Его необходимо использовать только для абсолютно шаблонных сайтов.