как то попросили joomla избавить от инжектов и вебшелов.. там файлов и
папок миллиард.. про папки /cache вообще молчу.. спам с хоста валил тоннами..
сканеры эффекта не давали.
посидел подумал, и сделал так:
прописал в htaccess
php_value auto_prepend_file "/dir/path/log_request.php"
который просто все запросы логгировал, ну типа
@file_put_contents('/tmp/log_request.tmp', $_REQUEST, FILE_APPEND);
запросов была масса, и в конечном счёте отфильтровал зловреды и нашёл где лежали
вебшелы и куда были внедрены инжекты.