Нужно открыть папку в Проводнике в
единственном экземпляре.
Если из Проводника кликнуть на папку, которая уже открыта, то он сделает эту папку активной. Тоже самое нужно из cmd
rem Открываем папку
explorer C:\\temp
rem Открываем папку x2
explorer C:\\temp
rem А нужно переключить фокус, если папка открыта
Можно и сторонний софт, если таковой имеется, но с доступом из командной строки.