Как подключена, ардуина к малине? Через usb или через gpio ttl? Учтите что ttl малины работает на 3,3В, а ttl дуни на 5,0В. В таком случае дуне может просто не хватать напряжения до логической единицы на входе, в таком случае нужно использовать преобразователь уровней.