процедурные функции в ООП
переписать процедурные функции в объектно ориентированное проектирование...
По вашему коду - если вы начитались статей про MVC - не делайте пока по MVC, всеравно получится не правильно. Начните со smartui, пока вы еще не знаете что от чего отделить пытаетесь. Если у вас в модели напрямую используются данные с UI (HTTP это UI в контексте WEB), то вы уже проиграли.
p.s. по поводу пароля, хэширования и проверок и т.д.
используем password api и только его.
к примеру кука не определяется в других файлах
В каких файлах? Почитайте документацию о том как работать с куками.