Создайте приложение webGL, коли собираетесь использовать визуализацию в 3D. Затем лучше использовать не phonegap, а cocoonjs. Последний позволяет интегрировать webview в приложение и тем самым запускать с полноценным ускорением на всех устройствах.
Ознакомьтесь
здесь. Не совсем в тему, но, думаю, есть полезное.