Такое может поисходить, когда js уже загрузился и начал выполняться, а вот картинки еще нет.
Почитайте
тут
PS: я понимаю, что бросить JS в конце template.php это самый простой путь, но вроде лучше выносить такие вещи в script.js, который битрикс цепляет автоматом.
PPS: CDN у битрикса убогийи может работать медленнее чем простая отдача.