bower забросили, он больше не развивается. Киллер-фича у него была одна — можно было ставить зависимости в любую папку, что удобно на легаси-проектах.
с функциями бовера нпм справляется
Наоборот, bower был такой форк npm чисто для фронта. Потом все перешли на npm + browserify.
Ближайшие, как минимум, полгода модно будет так: SystemJS + (jspm || npm), либо webpack + npm.
npm в любом случае будет на коне, потому что именно через него ставится все остальное:)