В
Unity3D не JS, а UnityScript. Мне лично, при моем с JS в 10 лет, проще было писать на C#, чем на UnityScript. Плюс примеров кода все-таки больше для C#, чем для этой смеси бульдога с носорогом.
Приложения для Windows писать на JS можно, вот официальный пример:
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/a..., дальше по ссылкам и поисковикам.
Если хотите делать игры именно на JS, посмотрите на
phaser.io — масса туториалов в интернете. С помощью PhoneGap можно обернуть готовую игру в приложение для мобильных платформ, а с помощью nw.js — в десктопное.
