Станислав: Я бы убрал apache из этой связки, потому что это лишнее звено, но сейчас не об этом. Может быть в настройках апача есть какие то правила? Пробовали их убирать и делать запросы? Проверяли какие данные отправляются скрипту?
Я правильно понял что это происходит и без участия nginx? Файл из консоли не запускали? Что в логах? Что вернет isset($_SERVER)? Каким образом подключен php на apache? А лучше скрипт покажите :)
Семен: var_dump($_SERVER, $_POST, $_REQUEST, $_GET) дает пустоту. Скрипт там большой, полотно, но не думаю, что отсутствие вывода var_dump($_SERVER, $_POST, $_REQUEST, $_GET) в самом начале файла зависит не от сервера, а от скрипта. Нашел что-то похожее и решалось отключением php.net/auto-globals-jit . Пока полет нормальный.
Настройка самая тривиальная, т.е. базовый конфиг. Пока проблема исчезла после выключения php.net/auto-globals-jit . Единственное, стоял mpm_itk для разделения пользователей, вроде даже проблема пришла с его установкой. Сейчас необходимость отпала, удалили модуль, вроде проблемы нет.