У меня есть строка с "=", вместо " \u003d". Я исправил это с помощью str_replace. Но когда я сохранил её в json файл, то там "\" в " \u003d" был заменён на "\\". Если же её вывести с помощью echo, то такого не наблюдается. Как сохранить нормально файл так, чтобы был только один "\"?
Нормально - это как раз когда у вас такие символы экранируются. Любой нормальный парсер JSON правильно читает и когда данные десериализованы, экранирующего бэкслеша больше нет.