npm init -- визард, помогающий создать package.json. А вообще, поскольку я почти во всех проектах использую одинаковые настройки eslint и jscs и схожий воркфлоу при помощи npm , то я копирую этот файл из одного проекта в другой, а потом правлю соответственные места.
Раздел dependencies/devDependencies редко редактируется вручную, обычно npm install, конечно.