Одна вьюха не может обрабатывать два разных элемента.
Если вам нужен только html (что вряд ли), то можете использовать $el.html() вместо $el в вашем коде.
Если нужна полноценная вьюха с обработчиками и т.д., то нужно просто создать две отдельных вьюхи, отдельно их отрендерить и отдельно добавить в DOM.
Тоесть, если мне нужно чтобы пагинация, показывалась перед контентом и после контента, то мне нужно продублировать весь ее код дважды (ее модель, колекцию, вид) и нету способа лучше?
Ну смотря что вы имеете в виду под "всем её кодом". Если класс - то нет, с классом вьюхи вам ничего делать не нужно. Но вот экземпляров этого класса нужно создать два. Я думаю, это две-три строчки кода и вряд ли сильно что-то усложнит. Что касается коллекции, то её дублировать не нужно. Модель я не очень понимаю какая тут может быть, но её скорее всего тоже не нужно дублировать. Создавайте вторую вьюху того же класса с той же коллекцией.