При подключении вы предоставляете сервису подписанный договор, соответственно договор заключается от лица вашей организации, у вашей организации имеются расчетные счета, как я понимаю банк в данном случае не важен, и по реквизитам этого счета и поступают деньги из "Яндекс.Кассы".