От задачи зависит, вам вообще названия файлов на кириллице нужны? Вообще если файлов ожидается очень много, лучше их название заменять хэшем и класть в папку с именем первых двух символов хэша, сами названия в таблице хранить с хэшем, но повторюсь, зависит от задачи. Можно транслитерацию использовать (и все недопустимые символы тоже убирать). В любом случае кириллические названия файлов - это тот еще гемор, проблемы с ними то по фтп всплывают, то при загрузке сторонними аплоудерами, то при работе через php.
