Для этого используют классы css
Допустим у нас есть набор анимаций и классов с ними, в animation.css
@keyframes anim {
0% {
background-color: yellow;
}
100% {
background-color: green;
}
}
.main-animation {
animation: anim 2s ease;
}
в js коде нам нужно добавить или удалить класс анимации у элимента который хотим анимировать
document.querySelector('.box').className="main-animation";
//если надо убрать анимацию то удаляем класс и всё
Данный способ является более практичным (не рекомендую делать по другому), так все делают. Используйте js для работы с DOM а анимацию предоставьте CSS Animations
Если вам нужно прям чисто js сделать,то надо создавать отдельную стилевую таблицу, как
тут