Евгений: по вашему ответу у меня складывается впечатление что вы так и не прочитали об margin-collapse ничего, вот довольно доходчивая статья xiper.net/learn/css/box-model/margin-collapsing , хоть и 2010-года..
После прочтения попробуйте понять как это в этом примере margin-top все-таки работает.... www.cssdesk.com/7MW9f
Therapyx : Если задать margin-top для .container то отступает весь фон, помогает только padding-top
"я бы задал хедеру margin-bottom" - вообще не понял о чем ты