Новый домен по сути = новый сайт. Новый домен поисковик будет определять как старый сайт только если прописать необходимые редиректы. Но и без этого со временем сайт по новому домену поисковик может принять за аффилиат старого сайта, а там уж как повезет, либо склеет новый сайт со старым, либо выкинет сайт по новому домену, что наиболее вероятно.
Но и да, если поменять контент, то конечно за аффилиат он считаться не будет.
)