БЭМ не догма и
только про css, как любой другой паттерн проектирования он помогает управлять сложностью, ограничение которые можно увидеть это субъективное восприятие наблюдателя.
Если я правильно понял вопрос, ничто не мешает использовать глобальную нормализацию (именно нормализацию, а не сброс) для элементов и это слетает конечные блоки более независимыми от их окружения. Когда использование стилевых правил для элементов делает блок зависимым от элемента или контекста это нарушает только один из принципов методологии по аспекту реализации блока и соответственно наоборот. И только самостоятельно возможно принять решения стоит ли это делать и как это может повлиять на общий процесс.
Дополнение по примеру, если
nav-theme__name это модификатор со значением
name, то следуя классическому наименованию правильно будет
nav-menu_theme_name (block_mod_value).
Соглашение об наименовании является конкретикой и в этом аспекте важно не отходить от договоренностей.
Дополнительно рекомендую посмотреть
https://ru.bem.info/forum/?labels=css
И все таки использовать глобальные стили (normalize/reset) противоречит прицепу: "Блок — независимый компонент", подробнее:
опыт и
рекомендация.