$GLOBALS['GLBL'] = array(
base64_decode('c3RyX3Jlc' . 'G' . 'xhY2U='),
base64_decode('ZmlsZV9nZXR' . 'f' . 'Y' . '29udGVudH' . 'M='),
// ...
);
$content = <<<'FILE'
<содержимое файла>
FILE;
echo preg_replace_callback('/\$GLOBALS\[\'GLBL\'\]\[(\d+)\]/m', function ($m) use ($GLOBALS) {
return $GLOBALS['GLBL'][intval($m[1])];
}, $content);