При сохранении через "Save as" есть галочка, дающая возможность редактировать впоследствии этот файл "Preserve Illustrator Editing Capabilities" (Сохранить возможность редактирования). В ином случае редактировать SVG после сохранения нельзя.
Рабочие файлы надо держать в .ai или .eps — любом редактируемом формате, а уже финальный результат экспортировать в конечные .svg, .png и прочие.