1. Вложенность нормальная. npm@3 cтавит модули иначе и вложенность будет меньше. Но npm@3 еще в бете.
2. Зачем вы хотите положить node_modules в гит? В большинстве случаев это плохая практика. Не надо так делать.
В данном случае для того, чтобы прийти домой и выкачать шаблон дома, чтобы сразу начать делать что-то с ним. А как правильно? Устанавливать модули глобально?