Ну, можно например сделать всю обработку файлов на PowerShell (требуется установленный word\office) на сервере где будет работать сервис.
Изменение документа: В примере весь шрифт в документе(безотносительно того что было) меняется на указанный
PS C:\WINDOWS\system32> $WordApp = New-Object -ComObject word.application
PS C:\WINDOWS\system32> $WordApp.Visible = $false
PS C:\WINDOWS\system32> $doc=$WordApp.Documents.Open('C:\Rules\1.docx')
PS C:\WINDOWS\system32> $doc.Content.Font.Name = 'Castellar'
PS C:\WINDOWS\system32> $doc.Close()
отслеживать появление файлов в папке можно вот этим скриптом
https://gallery.technet.microsoft.com/scriptcenter...
как файлы будут попадать в нужную папку, как будут предлагаться измененные файлы пользователю - дело ваше =)