Непонятен смысл резервной копии, если закладки и так можно синхронизировать в облако с акк google.
Если надо их упорядочить, то в "Диспетчере закладок" это делать удобнее, чем в файле.
Ответ на вопрос:
В windows путь к закладкам такой
...\Users\[имяюзера]\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\Bookmarks