В мускуле timestamp хоть и позволяет хранить мс, но не генерит их самостоятельно. Потому никсовый формат с точечкой содержит более точное число. И еще, если с числовыми значениями вся нагрузка на построение запроса отдается клиетской части, то с dateTime возникает соблазн переложить это на БД (dateadd, diff, now, etc), а БД сложнее масштабировать. Получается большая нагрузка на слабое звено. А так да, удобнее с датами крутить.