L3n1n все верно сказал. Вообще, при росте проекта нужно сделать подпапки. Чем больше файлов в папке, тем дольше доступ к файлу.
Удобно для структуры директорий использовать хэш-значение, например, полученной функцией crc32 (или md5, медленнее). Путь в этом случае будет вида {BASE_PATH_TO_MEDIA}/
B/X/GSvQJ при значении crc32 для файла BXGSvQJ. Трех уровней хватит за глаза, потом можно просто расширить.
Плюсы — для каждого файла мы всегда знаем, где он должен лежать. Если файлов много и они не несут полезной информации для человека, то можно давать им имена исходя из полезности для машины — размер, тип, дата и пр.