Итоговая реализация:
$cl->SetFilter(); //ставим все фильтры
$cl->AddQuery($base_word . $stop_word, 'index');
Вся фишка в том, что после вызова AddQuery, фиксируется состояние запроса, в том числе фильтры, группировки и т.д. Так что вторым шагом, можно добавлять группировку, которая никак уже не повлияет на результаты основного запроса
$cl->SetGroupBy ("status", SPH_GROUPBY_ATTR, "@count desc" );
$cl->AddQuery($base_word . $stop_word, 'index');
$cl->SetGroupBy ("cat", SPH_GROUPBY_ATTR, "@count desc" );
$cl->AddQuery($base_word . $stop_word, 'index');
$result = $cl->RunQueries();
Как результат - в result[0] будет результат полнотекстого поиска, а в result[1] и result[2] та статистка, что мне была нужна. Своего рода facet