zkweb: скорее всего проблема именно в апаче и mod_wsgi, давно пора отказаться от апача и поставить nginx+uwsgi - там все достаточно прозрачно и корректно работает с virtualenv. Для каких таких специфических задач вам нужен апач?
zkweb: что у вас там за "проекты" ? В интернет по-любому должен глядеть nginx, апач выставлять не рекомендую - можете настроить его как бэк для уже существующих проектов. В общем, гуглите, информации по настройке полно.